Varje storstad har sin egen typiska mikrobflora
Nu har den presenterats, den största studien någonsin av de mikrober som finns på ytor och i luft i storstadsmiljöer jorden runt. Prover som samlats in från kollektivtrafik och sjukhus i 60 städer gensekvenserades och varje stad visade sig ha sin egen mikrobiella profil.
Bland alla identifierade mikrober fanns tusentals virus och bakterier som inte finns i några referensdatabaser, och gener för resistens mot antibiotika var utbredda. Resultaten har redovisats i två separata artiklar. En artikel i tidskriften Cell kan ses som en världsomspännande katalog över det urbana mikrobiella ekosystemet, baserad på provtagning av ytor på till exempel ledstänger, handtag och sittplatser i 60 storstäder.
I tidskriften Microbiome redovisas en kompletterande studie av innehållet i luftprover från sex storstäder. Stockholm ingick i båda studierna. Foto: Anna-Karin Landin/Stockholms universitet
I tidskriften Microbiome redovisas en kompletterande studie av innehållet i luftprover från sex storstäder. Stockholm ingick i båda studierna, liksom forskare från Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) och Stockholms universitet.
Resultaten har stor betydelse inom en rad områden. Den möjliggör upptäckt av hittills okända organismer och gener, den belyser möjliga tillämpningar inom folkhälsoarbete och kriminalteknik och den ger en bild av förekomsten av antibiotikaresistens i städer.
Klas Udekwu, SLU, har lett insamlingen av prover från Stockholms tunnelbana. Foto: Anna-Karin Landin/Stockholms universitet
– Stockholmsproverna hör till dem där förekomsten av gener för antibiotikaresistens var lägst, vilket kan återspegla den ganska restriktiva förskrivningen av antibiotika i Sverige, säger Klas Udekwu från SLU, som har lett insamlingen av prover från Stockholms tunnelbana.
– Förekomst och spridning av covid-19 i tunnelbanor och andra offentliga miljöer undersöks i ett nytt projekt, bland annat i Stockholm, men analyserna är inte färdiga än.
Peter Olofsson
Fakta
Artiklarna
• Danko et al. 2021. A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance. Cell, DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.002
• Leung et al. Characterization of the public transit air microbiome and resistome reveals geographical specificity. Microbiome 9, 112 (2021). https://doi.org/10.1186/ s40168-021-01044-7
